溃疡性结肠炎和克隆病的治疗属内科范畴，两种病的内科治疗方法基本相同。当病情发展、症状重，而内科治疗效果不满意时，或发生并发症时，才需要采用手术治疗。非手术疗法主要包括：
    1.充分休息，避免疲劳及精神过度紧张。
    2.饮食 严格控制饮食虽不一定能使病情缓解，但调节饮食，给以易消化、少刺激、低渣、营养丰富的平衡膳食是重要的。补充维生素，特别是B族维生素以及钙也是需要的。有贫血时，应给予口服或肌肉注射铁制剂及叶酸。一般多主张暂停服用牛奶及乳制品。
    3.抗感染药 多年应用的经验表明水杨酸偶氮磺胺吡啶(salicylaZosulfapyridine)有较好的疗效，应作为首选试用药。近年来认为灭滴灵对克隆病，特别是对并发的肛周感染有较好的治疗效果。
    4.促肾上腺皮质激素及肾上腺皮质类固醇 用于急性发作或症状重的病人，大多可使症状明显减轻，病情好转。开始时可给予静脉注射，以后再转为口服，待症状减轻后，逐步减少剂量至最低维持量。激素治疗对少部分病人疗效不佳。病变限于直肠、乙状结肠者，可试用氢化可的松溶液或泡沫制剂灌肠作为局部治疗，对缓解下坠感有较好效果。
    5.止泻剂 可以减少排便次数及减轻腹痛，常用药为复方苯乙哌啶、可待因、樟脑酊等。止泻药对急性发作的溃疡性结肠炎病人有可能引起中毒性巨结肠，应慎用。
    6.免疫抑制剂 考虑到自身免疫与溃疡性结肠炎及克隆病的发病可能有一定关系，有人主张给予免疫抑制剂。此类药物虽有一定疗效，但不突出，而副作用较多，因此除个别情况外，一般不轻易采用。
    7.肠内、肠外营养 对腹泻症状很重，药物治疗又不能使其得到很好控制，全身情况差的病人，可以给予一段时期的要素膳食(即肠内营养)，也可以采用肠外营养治疗，一方面可以使肠道休息以减轻病人症状，另一方面可以增加营养，以改善病人全身情况，这是近年来对这两种疾病治疗的一项有意义进展。肠内、肠外营养只能起到对疾病的辅助治疗作用，它的适应证是：①腹泻很重，药物控制不满意。②病情重，需要手术治疗，而病人营养情况很差，难以耐受手术。③克隆病并发腹壁肠瘘。④克隆病经一次或几次手术后造成短肠综合征。