膈下脓肿的诊断一般比较困难，因为本病是继发感染，常被原发病灶之症状所掩盖。原发灶经过治疗病情好转，数日后又出现持续发烧，乏力，上腹部疼痛，应该想到有无膈下感染。
　　①毒血症：早期为细菌性毒血症的表现，即在康复过程中突然发生间歇或弛张型高烧，有时是寒战高烧，食欲减退、脉率快或弱而无力乃至血压下降。
　　②疼痛：上腹痛、在深呼吸和转动体位时加重，有持续性钝痛向肩背部放散，脓肿大时可有胀痛气急、咳嗽或呃逆。
　　③膈下和季助区有叩击痛、压痛，若脓肿表浅时该处皮肤有可凹性水肿。
　　④患侧之呼吸动度变小，肋间隙不如健侧明显。
　　⑤肝浊音界升高。
　　⑥约25％的病例脓腔中含有气体，可叩击出四层不同之音响区，最下层为肝浊音或脓腔的浊音，上层为气体之鼓音，再上层为反应性胸腔积液或萎缩肺的浊音，最上层为肺之清音。
　　⑦患侧肺底部呼吸音减弱或消失。
　　⑧白细胞计数升高及中性粒细胞比例增加。
　　辅助检查
　　①X线检查：病人取立位，从前后和侧位拍片，可发现病侧之横膈运动消失或减弱，示有膈下感染， 但不一定积脓。还可发现病侧横膈抬高，和助膈角消失，肺野模糊，表示有反应性胸腔积液、或肺突质变化，可以看到膈下有气液面，约10％的膈下脓肿有产气菌的感染，及胃、十二指肠穿孔之气体，左膈下脓肿可见胃受压移位。
　　②B超检查：B超可明确显示脓腔之大小，部位、深浅度，又可在B超引导下做穿刺抽脓或将穿刺点标于体表做诊断性穿刺。
　　③电子计算机X线断层扫描（CT），可行定性定位诊断。
　　④诊断性穿刺：穿刺的确可以使炎症延针道播散，如穿刺若经肋膈角可以致胸腔感染，所以有些外科医生宁愿行探查性切开，我们认为在病情重而诊断又不肯定时，可在X线或B超定位引导下穿刺，若抽出脓汁则立即切开引流。实际上膈下脓肿存在时，其肋膈角大部已有粘连故穿刺引起脓胸之机会不大。